เดิมเกาะกูดเป็นหมู่บ้านขึ้นกับตำบลเกาะหมาก อำเภอแหลมงอบ ต่อมาได้ยกฐานะขึ้นเป็นตำบลเกาะกูด ในปี พ.ศ. 2523 ตัวเกาะกูดมีระยะทางห่างจากอำเภอคลองใหญ่ประมาณ 40 กิโลเมตร ประชาชนชาวเกาะกูดมีความยากลำบากในการเดินทางไปติดต่อราชการ ประกอบกับเกาะกูดอยู่ใกล้ดินแดนประเทศกัมพูชาด้านเกาะกงมากกว่าฝั่งไทย ทางราชการจึงมีนโยบายเพื่อความมั่นคงและอำนวยความสะดวกแก่ประชาชน โดยได้ยกฐานะเกาะกูดและเกาะข้างเคียงขึ้นเป็น กิ่งอำเภอเกาะกูด ตามประกาศกระทรวงมหาดไทยลงวันที่ 19 มกราคม พ.ศ. 2533 โดยมีผลบังคับตั้งแต่วันที่ 1 เมษายน ปีเดียวกัน และต่อมาได้มีพระราชกฤษฎีกาลงวันที่ 24 สิงหาคม พ.ศ. 2550 ยกฐานะขึ้นเป็น อำเภอเกาะกูด โดยมีผลบังคับตั้งแต่วันที่ 8 กันยายน ปีเดียวกัน